GENIGMA est un jeu sous forme d’App pour smartphone, mettant en œuvre l’intelligence collective afin d’aider à la constitution de cartes de références génomiques de certains cancers. Une participation ludique, gratuite, pour faire avancer la science.
Voici la proposition d’une équipe de scientifiques catalans adressée au monde entier. On se souvient que les recherches sur le génome humain ont mis à contribution la puissance de calculs d’un très grand nombre d’ordinateurs autour de la planète. L’idée était d’utiliser une infime partie de la puissance des ordinateurs connectés pour découvrir l’agencement de notre génome. Un même projet plus ancien avait déjà vu le jour pour le programme de recherche de vie extraterrestre SETI.
Ici, les chercheurs ont parié sur le nombre de smartphones IOS ou Android connectés dans le monde et la puissance de calculs générée par un jeu. GENIGMA, c’est son nom, est un jeu vidéo qui invite les joueurs à résoudre des énigmes tout en générant des données scientifiques réelles permettant de détecter des altérations dans les séquences génomiques.
Une aiguille dans la botte de foin
On le sait, bon nombre de cancers présentent ces altérations, mais aucune carte de références n’est disponible actuellement. Ceci limite d’une part la recherche fondamentale permettant une meilleure compréhension de ces cancers et la recherche appliquée chargée de découvrir de nouveaux traitements. De telles cartes permettraient de localiser des gènes d’intérêt thérapeutique, par exemple.
Les méthodes existent pour créer des cartes de référence génomique en visualisant le génome dans un espace tridimensionnel. Toutefois, cela nécessite beaucoup de temps et de ressources pour former l'intelligence artificielle, ainsi qu'une vaste puissance de calcul.
C’est pourquoi les chercheurs de Barcelone ont imaginé pouvoir faire appel à l’intelligence collective d’un ensemble de nombreux smartphones. Quoi de plus attractif que de proposer leur participation qu’un jeu ?
Jouez ! Jouez !
Dans GENIGMA, les joueurs peuvent résoudre des puzzles impliquant une chaîne de blocs de couleurs et de formes différentes. Chaque chaîne représente une séquence génomique dans la lignée cellulaire cancéreuse, et la façon dont les joueurs organisent les blocs est une solution potentielle à la localisation des gènes.
Après avoir téléchargé l’App, les joueurs sont invités à réorganiser les blocs de manière à obtenir le meilleur score possible. Plus le nombre de joueurs et de scores élevés est important, plus il y a de chances que les chercheurs aient trouvé la séquence correcte pour cet emplacement particulier dans la carte de référence.
Pour le lancement, les chercheurs ont choisi de s’attaquer à une lignée cellulaire de cancer du sein T-47D. Selon eux, si 30000 joueurs jouent 50 parties chacun, cela devrait suffire à déterminer 20.000 gènes de référence pour cette lignée cellulaire. La partie se déroulera sur 3 mois. De manière hebdomadaire, chaque lundi, les chercheurs introduiront un ou plusieurs fragments du génome. Les premiers concernent le chromosome 17 sur lequel se trouve le fameux BRCA1.
A ce jeu, il n’y a pas de perdants : la science et le combat contre le cancer en ressortiront gagnants !
